Johannes Eppelein studierte Evangelische Kirchenmusik, Chordirigieren und Gesangspädagogik an der Hochschule für Musik und Theater München. Zu seinen prägenden Lehrer:innen zählten u.a. Prof. Michael Gläser (Chordirigieren), Prof. Harald Feller (Orgel) und Prof. Monika Riedler (Gesang).
Nach beruflichen Stationen an der Jerusalemkirche Taufkirchen bei München und der Christuskirche München-Neuhausen (kirchenmusikalisches Praxisjahr) war er von 2017 bis 2022 Dekanatskantor in Rosenheim und 2022/2023 Bezirkskantor an der Stiftskirche in Lahr (A-Stelle). Seit 1. Februar 2023 ist Johannes Eppelein Kantor an St. Anna in Augsburg und leitet in dieser Funktion u.a. den Madrigalchor bei St. Anna sowie den Augsburger Motettenchor.
Von 2017 bis 2019 war er Stipendiat des Deutschen Musikrats im »Dirigentenforum«. Innerhalb dieses Stipendiums konnte er mit der Singakademie Dresden, dem Philharmonischen Chor Berlin, dem Chor der Oper Leipzig und dem WDR-Rundfunkchor in Kursen mit Jörg-Peter Weigle, Thomas Eitler-de Lint und Stefan Parkman arbeiten.
Er ist Mitglied des Verbandsrates des Verbandes evang. Kirchenmusiker:innen in Bayern e.V., seit Juli 2025 zudem Präsident des Verbandes evang. Chöre in Bayern „SINGEN IN DER KIRCHE e.V.“. 2025 initiierte er die Gründung der »Bayerischen Landesjugendkantorei«, einem bayernweiten, kirchlichen Auswahlchor für junge Menschen zwischen 16 und 27 Jahren, deren künstlerischer Leiter er seitdem ist. Mehrere seiner Kompositionen für Chor, Kinderchor und Bläser sind im Strube-Verlag erschienen.